開電源　→　POST 　→　BIOS　→　IO.SYS　→ 　MSDOS.SYS→　 SHELL
　　　　 　　　 　 　　程序　 　　 載入　 　　載入　 　　 　　載入　　　　程式
　
　　　 由於病毒必須取得磁碟讀寫的控制權（這樣才能達成感染的目的），因此開機型病毒本身會存在於開機磁區(Boot Area) ，以便在載入OS時會先OS載入以取得絕對控制權。因此感染（中毒）後開機的程序變成了下面這樣：
　
　　　　
　　　　開電源　→ 　POST 　→　BIOS　　→　IO.SYS　→ 　MSDOS.SYS　→ 　SHELL
　　　　　 　　　　　程序 　　　　載入　↑　　載入　　 　　　載入　　　　　 程式
　　　　 　　　　　　　　　　　　　　　↑　
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↑
　　　　　　　　　　　　　　　　※病毒載入※
　
　　　 我們看到了病毒在 DOS載入前載入，這樣便可以利用讀寫磁片的機會（如dir 指令）進行感染。而硬式磁碟的感染，就是比軟碟多了一項硬碟分割表的檢查程序，而開機型病毒便可藏身於開機磁區或是硬碟分割表中，多了一種可能。

　　　 而一般的開機型病毒應可以分為兩種：

一. 傳統開機型病毒：
　　　 純粹的開機型病毒多利用軟碟開機時侵入電腦系統，然後再伺機感染其他的軟碟或硬碟，例如：STONED 3 ( 米開朗基羅)、DISK KILLER、HEAD ELEVEN。目前市面上大多數的防毒、掃毒程式均可預防此類病毒，一般電腦用戶對於此類病毒最好的預防方式，即是避免使用外來軟碟開機。
　　以1990年以後出品的AMI BIOS而言，就已經提供了設定由硬碟開機的功能，足可令電腦用戶避開此類病毒的侵擾。使用者於電腦開機時，壓<DEL>或<ESC> 鍵即進入BIOS的設定，其中選擇 <ADVANCED BIOS SETUP> 將游標移至<SYSTEM BOOT UP SEQUENCE>選項，設定<C：A：>，即完成了由硬碟開機的設定。

二. 隱形開機型病毒：
　　　 此類病毒的開山始祖，首推(C)BRAIN，凡是為此病毒感染之系統，再行檢查開機區(PARTITION TABLE & BOOT SECTOR)， 得到的將是正常的磁區資料，就好像沒有中毒一般，此型病毒較不易為一般掃毒軟體所查覺，而防毒軟體對於未知的此型病毒，必須具有辨認磁區資料真偽的能力。