指令如下 : ( 工作站實驗室本來就裝了blastall 和 formatdb, 可以直接執行 )
	1. formatdb -i test_fold_db -p T -o T
	test_fold_db 要先run一次 formatdb
	2. blastall -p blastp -a 2 -d test_fold_db -i input.test -o tmp.log -e
	10 -m 9
	-d : database file, 目前也就是 fold training data file
	-i  : input file
	-o : output file
	-e :  e-value , 你可能要調整一下, e-value 越大,  output
	file 中會列出越多 entry
	-m : 9  可以不用調整


	1.用wscript來寫test檔的script

	2.後用產生好的script自動跑blast以生成output，取名為 xxx.out
	內有multiple sequence alignment後的排名

	3.再用evaluate.c程式來評分

***
1 這個檔案裡存放的是whole seq.下做3NN的結果。有特例的蛋白質 1rik_A, 1rim_A
2 這個檔案裡存放的是砍去連續10個loop下做3NN的結果 1tue_K, 1w2b_J
out2 這個檔案存放的是猜錯的蛋白質的分析資料

***
blast download
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/download.shtml

database download
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

基本上使用 nr database (nr.tar.gz)

	跑的時候基本上是
	./blastpgp -d db/nr -j 2 -i [sequence] -C tmp.txt -Q [pssm_output.txt]

***
MaQVcxpW

***
dssp 檔案中的序列可能會出現'!'，,也可能會跟原本的序列長度不同，中間出現斷層。